Mô tả
Hệ thống Chú giải Phân tử CapitalBio (CB-MAS) là một giải pháp tổng thể về khai thác dữ liệu và chú giải chức năng, có khả năng trích xuất và phân tích các mối quan hệ trên toàn hệ gene giữa các phân tử sinh học từ các cơ sở dữ liệu tri thức công cộng. Nền tảng phân tích CB-MAS là một chương trình ứng dụng web (web client) giúp điều hướng tương tác trong các kho tri thức. CB-MAS sử dụng một cơ sở dữ liệu quan hệ về các mạng lưới sinh học được tạo ra từ hàng triệu mối quan hệ được mô hình hóa riêng biệt giữa gene, protein, các phức hợp sinh học, tế bào, mô và mối liên hệ của chúng với bệnh tật. CB-MAS cung cấp một cái nhìn tích hợp về dữ liệu của bạn với các mạng lưới sinh học dựa trên các bối cảnh sinh học khác nhau. Tính năng phân tích độc đáo này là kết quả của việc tích hợp nhiều nguồn bằng chứng thông qua các chức năng cơ sở dữ liệu của CB-MAS, giúp bạn hiểu rõ các mối quan hệ sinh học ẩn chứa bên trong dữ liệu biểu hiện gene.
Cơ sở dữ liệu chính của CB-MAS tích hợp nhiều nguồn tài nguyên sinh học hàm lượng cao bao gồm: Genbank, EMBL, SwissProt, Gene Ontology (GO), KEGG, BioCarta, GenMapp, mirBase, EPD, HPRD, MIND, BIND, Intact, TRANSFAC, UniGene, dbSNP, OMIM, InterPro, HUGO, MGI và RGD, với các bản cập nhật kịp thời giúp mở rộng khả năng tiếp cận tri thức. CB-MAS cung cấp nhiều phương thức truy vấn, hiển thị kết quả bằng đồ họa, thông tin so sánh hệ gene và tìm kiếm từ khóa tự do. Hệ thống này đại diện cho một phương pháp tiếp cận thay thế trong việc khai thác và khám phá ý nghĩa sinh học của dữ liệu microarray thông lượng cao.
Các đặc điểm chính
- Tích hợp đa cơ sở dữ liệu: Kết nối nhiều nguồn dữ liệu sinh học uy tín.
- Hỗ trợ truy vấn đa loài: Khả năng phân tích trên nhiều đối tượng sinh vật khác nhau.
- Truy vấn đa chức năng: Hỗ trợ tìm kiếm theo nhiều tiêu chí sinh học.
- Mô-đun truy vấn do người dùng định nghĩa: Cho phép tùy chỉnh các chức năng tìm kiếm.
- Truy vấn so sánh hệ gene: Phân tích sự tương đồng và khác biệt giữa các hệ gene.
- Tìm kiếm từ khóa tự do: Linh hoạt trong việc tra cứu thông tin.
- Tìm kiếm trình tự bằng BLAST: Công cụ so sánh trình tự tiêu chuẩn.
- Kiểm định ý nghĩa thống kê (Significance tests) của GO và Pathway: Xác định các con đường sinh học và chức năng gene có ý nghĩa nhất.
- Phân tích cụm (Cluster analysis): Gom nhóm các dữ liệu có đặc điểm tương đồng.
- Tạo biểu đồ phân bố phân tử: Dựa trên các chú giải về con đường sinh học (Pathway) và chức năng gene (GO).
- Tạo biểu đồ biểu hiện gene đặc hiệu theo mô: Phân tích mức độ hoạt động của gene tại các mô cụ thể.
- Hiển thị kết quả bằng đồ họa: Trực quan hóa dữ liệu phức tạp.
- Hỗ trợ đa người dùng và đa dự án: Quản lý hiệu quả các phân tích phức tạp.
- Lưu trữ dữ liệu trên máy chủ: Lưu lại kết quả phân tích và lịch sử truy cập cơ sở dữ liệu.
- Xuất kết quả định dạng .csv: Dễ dàng xử lý dữ liệu bằng các phần mềm bảng tính.
